vite-plugin-css-injected-by-jsはメンテナンスされていないため、通常のソースマップ生成に影響を与えるので、vite-plugin-lib-injected-cssを使用してください

plugin/kintone-addins/vite.config.js

@@ -1,7 +1,7 @@
 // vite.config.js
 import { defineConfig, loadEnv } from "vite";
-import cssInjectedByJsPlugin from "vite-plugin-css-injected-by-js";
 import checker from "vite-plugin-checker";
+import { libInjectCss } from 'vite-plugin-lib-inject-css';
 
 export default ({ mode }) => {
   process.env = { ...process.env, ...loadEnv(mode, process.cwd()) };
@@ -11,7 +11,7 @@ export default ({ mode }) => {
       checker({
         typescript: true,
       }),
-      cssInjectedByJsPlugin(),
+      libInjectCss(),
     ],
     build: {
       cssCodeSplit: false,